Das E-Rezept bringt so manche Abläufe in der Apotheke durcheinander. Einige Apotheken berichten, dass sich auch das Kundenaufkommen vom Vormittag in den Nachmittag verschoben hat. Als Grund vermuten die Apotheken die gesammelte Signatur aller E-Rezepte in den Praxen am Mittag, sodass Patientinnen und Patienten nach ihrem Arztbesuch am Vormittag die E-Rezepte erst am Nachmittag einlösen können.